环境工程微生物实验是一门实践性很强的学科，本课程是与环境工程微生物学理论教学相配套的实验教学，目的是训练学生掌握微生物学最基本的实验操作技能，了解微生物学的基本知识，加深理解课堂讲授的微生物学理论知识。本课程任务在于通过严格的微生物实验操作训练，培养学生规范地掌握微生物操作的基本技能。主要内容包括各种微生物形态观察、微生物计数、培养基的配制和灭菌、微生物培养、微生物的检测、微生物的分离纯化等。其中，无菌操作技能和无菌概念的建立是微生物学实验中的核心内容。该课程的主要任务是使学生掌握无菌操作、制片、计数、培养基配制及灭菌、倒平板、稀释涂布及划线分离、接种、菌种保藏等微生物基本操作技术，教会学生利用光学显微镜观察各种微生物，学会分离、纯化、培养和检测微生物。通过本课程的教学，初步培养学生具有自我获取知识、提出问题、分析问题、解决问题的独立工作能力。同时注意培养学生实事求是的科学态度、严谨的工作作风、相互协作的团队精神，为学习后续课程、参加实际工作和开展科学研究打下良好的基础。微生物学实验的基础操作，又具有微生物在环境工程中的应用及对有害微生物的检测与控制等知识。也是实践技能训练的一个重要教学环节。